Um Tierseuchen zu bekämpfen und die Lebensmittelsicherheit zu erhöhen, ist die Kennzeichnung bestimmter landwirtschaftlicher Nutztiere und Heimtiere europaweit geregelt. Jeder Betrieb ist zudem registriert und dokumentiert.
So lassen sich alle Tiere und die aus ihnen gewonnenen Lebensmittel und Produkte rückverfolgen. Dies ist die Voraussetzung, um übertragbare Erkrankungen (von Tier zu Tier sowie von Tier zu Mensch (Zoonosen) erfolgreich zu überwachen und zu bekämpfen. Nur landwirtschaftliche Betriebe, die die EU-Bestimmungen zur Tierkennzeichung und anderen Rechtsbereichen im Rahmen der Cross Compliance einhalten, bekommen Direktzahlungen, flächenbezogene Maßnahmen des ländlichen Raumes und Zahlungen für die Umstellung und Umstrukturierung im Weinbau ohne Einschränkungen.
Bereits 1997 wurden vor dem Hintergrund der BSE-Erkrankungen EU-Bestimmungen für die Kennzeichnung und Rückverfolgbarkeit von Rindern eingeführt. Dies sollte das Vertrauen der Verbraucherinnen und Verbraucher in die Qualität von Rindfleisch und Rindfleischerzeugnissen durch Transparenz und umfassende Rückverfolgbarkeit von Rindern und Rindfleisch wiederherstellen. Die Regelungen haben sich in Verbindung mit dem Verfütterungsverbot für tierische Nebenprodukte bewährt. Inzwischen ist die BSE in der EU unter Kontrolle.
Die Liste der Kennzeichnungsmittel für Pferde (u.a. Einhufer), Rinder, Schweine, Schafe und Ziegen umfasst je nach Tierart Ohrmarken, Fußfesseln und elektronische Kennzeichnungsmittel, wie z. B. die Ohrmarke, den Transponderbolus oder Mikrochip. Auch eine Kombination verschiedener Kennzeichnungsmittel, wie z.B. Ohrmarke in Verbindung mit Ohrmarken-Transponder oder Bolus-Transponder bei Schaf und Ziege, ist bei bestimmten Tierarten zulässig.
Derzeit sind beim Rind zwei Ohrmarken vorgeschrieben; als zweites Kennzeichnungsmittel ist die Transponderohrmarke mit behördlicher Genehmigung möglich. Schafe und Ziegen, müssen ebenfalls mit einem elektronischen Kennzeichen und einem weiteren zugelassenen Kennzeichen (z.B. Ohrmarke, Fußfessel) versehen werden. Im Gegensatz zu Rindern, Schafen und Ziegen müssen Schweine lediglich mit einer Bestandsohrmarke gekennzeichnet werden. Bei Equiden (Pferde, Esel) ist die Kennzeichnung seit 01. Juli 2009 durch einen implantierten Mikrochip (Transponder) vorgeschrieben.
Der grenzüberschreitende Transport von Hunden, Katzen und Frettchen ist nur zulässig, sofern die Tiere mit einem zugelassenen Transponder gekennzeichnet sind oder alternativ vor dem 3. Juli 2011 deutlich erkennbar tätowiert wurden, damit die im Heimtierausweis zu dokumentierende gültige Tollwutimpfung eindeutig zugeordnet werden kann.